Introdução: Embora a maioria dos indivíduos com doença causada pelo coronavírus 2019 (COVID-19) se recupere completamente, uma porcentagem significativa apresenta sintomas persistentes, que foram caracterizados como COVID Longa e podem estar associados a disfunções cardíacas e autonômicas. Objetivo: Avaliar a variabilidade da frequência cardíaca (VFC) em repouso e durante a manobra de respiração profunda (MAS-R) em pacientes com COVID Longa. Métodos: Caso-controle, envolveu 21 pacientes com COVID Longa e 20 controles. A VFC foi avaliada (sistema Polar®) em repouso na posição supina e durante MAS-R e expressa no domínio do tempo e análise não linear. Resultados: Descobrimos que pacientes com COVID Longa apresentam uma redução nas medidas de VFC em comparação aos controles: Supino [Mean_iRR=716.9±948.2 vs 948.2±99.6 p<0.001; STD_iRR=12.7±6.9 vs 45.6±20.7 p<0.001; STD_HR=1.7±0.7 vs 3.1±1.2 p<0.001; SD1=6.9±4.1 vs 29.5±14.4 p<0.001; SD2=16.4±9.0 vs 56.7±25.6 p<0.001; alpha2=0.5±0.2 vs 0.7±0.1 p<0.001)]; MAS-R: [Mean_iRR=685.9±97.4 vs 845.3±112.4 p<0.001; STD_iRR=24.8±14.9 vs 95.7±111.8 p<0.001; Mean_HR=89.4±12.9 vs 72.8±10.3 p<0.001; STD_HR=3.2±1.3 vs 6.0±2.1 p<0.001; rMSSD=14.7±8.7 vs 45.2±19.9 p<0.001; RR_tri-index=6.2±3.4 vs 15.1±3.3 p<0.001)]. Conclusão: A COVID Longaimpactou negativamente a VFC em repouso e durante a respiração profunda. Esses achados podem implicar no comprometimento do controle autonômico cardíaco quando os sintomas de COVID-19 persistem após a recuperação inicial.