Introdução: A COVID-19, doença causada pelo coronavírus SARS-CoV-2, desencadeou diversos comprometimentos nos indivíduos por ela acometidos, como distúrbios renais, pulmonares, cardíacos e neurológicos, o que pode afetar também as respostas do sistema nervoso autônomo. Objetivo: Comparar a modulação autonômica cardíaca, por meio de índices lineares no domínio do tempo, entre indivíduos que contraíram COVID-19 e indivíduos saudáveis. Metodologia: Foram analisados dados de 30 voluntários. Divididos em dois grupos, indivíduos que contraíram ou não a COVID-19: Grupo Sem COVID (GSC; n=15; 26,66±14,64 anos; 24,55±4,15kg/m²) e Grupo Com COVID (GCC; n=15; 31,93±14,60 anos; 26,08±7,25kg/m²). Os voluntários foram identificados e questionados quanto a terem contraído a doença, e em caso de afirmativo foram coletas informações sobre sintomatologia. Após, todos foram submetidos a avaliação do sistema nervoso autônomo, por meio da variabilidade da frequência cardíaca (VFC), onde os índices analisados foram: rMSSD, SDNN, e pNN50. Para análise dos dados foi utilizado a estatística descritiva, e o teste T de Student para dados paramétricos ou teste de Mann-Whitney para dados não paramétricos; a normalidade dos dados foi obtida pelo teste de Shapiro-Wilk; nível de significância de 5%. Resultados: A comparação entre grupos permitiu observar que o GCC apresentou resultados inferiores, estatisticamente significantes, na atividade parassimpática, quando comparado ao GSC, onde os índices rMSSD (27,11±18,14 vs. 44,40±22,59; p=0,010) e pNN50 (8,40±13,06 vs. 22,24±18,46; p=0,006) indicaram a menor modulação parassimpática no grupo que contraiu a doença. Já o índice SDNN, que indica a variabilidade global do indivíduo, apesar de apresentar menores valores no GCC (49,40±24,67 vs. 63,51±26,40; p=0,142), não demostrou significância. Conclusão: Concluímos que o GCC apresentou redução significativa na atividade parassimpática, em comparação com o GSC. Isso pode indicar que a COVID-19 pode impactar a modulação autonômica cardíaca, especificamente diminuindo a atividade parassimpática.