Introdução: A variabilidade da frequência cardíaca (VFC) emergiu como um marcador promissor da modulação autonômica cardíaca. No contexto de esportes de alta intensidade, como o Crossfit, que combina elementos de levantamento de peso, ginástica e condicionamento metabólico, entender as nuances da VFC torna-se crucial. Assim, investigar a VFC em praticantes de Crossfit pode contribuir para a literatura existente ao elucidar a relação entre treinamentos de alta intensidade e a regulação autonômica cardíaca. Métodos: Trata-se de um estudo observacional transversal. A amostra foi composta por 10 homens hígidos praticantes de Crossfit (GCF) (há pelo menos três meses), com idades entre 18 e 40 anos, e um grupo controle (GC) composto por 11 homens sedentários pareados por idade, com o GCF. Todos os participantes foram submetidos a monitorização do intervalo cardíaco por meio de frequencímetro, permanecendo em repouso na posição supina durante 20 minutos, para posterior análise da VFC no domínio do tempo e da frequência. A análise estatística foi realizada utilizando teste T para amostras independentes. Resultados: A média de idade dos indivíduos sedentários foi 24,5 ± 3,3 anos e dos indivíduos praticantes de crossfit foi 27,8 ± 4,0 anos. A frequência cardíaca do GCF foi menor do que a do GC (59,44 ± 7,24 vs. 69,84 ± 12,76 bpm). O GCF apresentou uma maior VFC em comparação ao GC (SDNN: 83,22 ± 21,93 ms vs. 54,66 ± 19,29 ms,). Além disso, o RMSSD, um indicador da modulação parassimpática cardíaca no domínio do tempo, foi maior no GCF em comparação ao GC (66,31 ± 14,14 vs. 38, 98 ± 18,49 ms). A modulação simpática cardíaca foi menor nos praticantes de Crossfit quando comparada aos sedentários (Baixa Frequência nu: 49,4 ± 7,4 vs. 65,36 ± 8,7), enquanto a modulação parassimpática, evidenciada pelo componente de alta frequência da VFC no domínio da frequência, foi maior nos praticantes de Crossfit (50,6 ± 7,4 vs. 34,7 ± 8,7). Consequentemente, o balanço simpatovagal foi menor no GCF em comparação ao GC (1,12 ± 0,33 vs. 2,47 ± 0,88). Conclusão: Praticantes de Crossfit apresentam menor frequência cardíaca de repouso, maior VFC, menor modulação simpática e maior modulação parassimpática em comparação com sujeitos sedentários.